گندزدایی ثانویه یک باقی مانده ی ضروری فراهم می آورد که از رشد مجدد میکروارگانیزم ها در شبکه ی توزیع جلوگیری می شود. معمولا از کلر، کلرامین ها و دی اکسید کلر به عنوان گندزدای ثانویه استفاده می شود. اگرچه در این بین کلرامین متداول ترین گندزدای ثانویه مورد استفاده هستند. کلرامین قدرت ویروس کشی ندارد و فقط اندکی در از بین بردن کیست های ژیاردیا موثر است.

آلاینده های موجود در آب های آشامیدنی قبل از ورود به شبکه آبرسانی حاوی مقادیر بالایی از مواد معدنی و فلزات و همچنین میکروارگانیسم های بیماری زا می باشند که به شیوه های مختلف اغلب آنها از بین میروند. انجام راهکارهای مختلف تصفیه تاثیر زیادی بر باکتری های بیماری زا موجود در آب ها نداشته و به همین دلیل در مرحله تصفیه شیمیایی از روش ها و تجهیزات و مواد مختلفی استفاده میشود تا این باکتری ها از بین بروند.