گندزدایی ثانویه یک باقی مانده ی ضروری فراهم می آورد که از رشد مجدد میکروارگانیزم ها در شبکه ی توزیع جلوگیری می شود. معمولا از کلر، کلرامین ها و دی اکسید کلر به عنوان گندزدای ثانویه استفاده می شود. اگرچه در این بین کلرامین متداول ترین گندزدای ثانویه مورد استفاده هستند. کلرامین قدرت ویروس کشی ندارد و فقط اندکی در از بین بردن کیست های ژیاردیا موثر است.

تاثیر لوله های پلاستیکی بر کیفیت آب در تاسيسات لوله كشی منازل و سيستم توزیع آب باعث نشت فلزاتی مانند سرب به آب آشاميدنی می شود. سرب به عنوان گسترده ترين عنصر سنگين و سمي در محيط زيست، به صورت طبيعي به ميزان ۱ تا ۱۰ ميكروگرم در ليتـر در آب رودخانه ها وجود دارد. تركيبات سرب در نتيجه بهره برداري از معادن، صنايع باطري سازي، سوخت هاي فسيلي، رنـگ سـازي و صـنايع شيشه و لعاب به منابع آبي وارد مي گردند.